mrna：即messenger rna 信使rna是由dna經(jīng)由轉(zhuǎn)錄而來(lái)，帶著相應(yīng)的遺傳訊息，為下一步轉(zhuǎn)譯成蛋白質(zhì)提供所需的訊息。在細(xì)胞中，mrna從合成到被降解，經(jīng)過(guò)了數(shù)個(gè)步驟。在轉(zhuǎn)錄的過(guò)程中，第二型rna聚合酶從dna中復(fù)制出一段遺傳訊息到mrna前體pre-mrna上。在原核生物中，除了5'加帽之外mrna并未被進(jìn)一步處理而經(jīng)常是邊轉(zhuǎn)錄邊轉(zhuǎn)譯。在真核生物中，轉(zhuǎn)錄跟轉(zhuǎn)譯發(fā)生在細(xì)胞的不同位置，轉(zhuǎn)錄發(fā)生在儲(chǔ)存dna的細(xì)胞核中，而轉(zhuǎn)譯是發(fā)生在細(xì)胞質(zhì)中。
一、文庫(kù)類(lèi)型
根據(jù)研究對(duì)象不同選擇相應(yīng)的建庫(kù)方法
在測(cè)mrna過(guò)程中，首先要去除rrna。以人為例，在抽提的總rna中，95%的rna是rrna，2%的rna是mrna，剩下的則是lncrna、microrna、sirna等。rrna整個(gè)人類(lèi)當(dāng)中是非常保守的，在各個(gè)組織器官中也是非常穩(wěn)定的，因此這些測(cè)序結(jié)果對(duì)我們的研究是沒(méi)有用處的。mrna則是rna中比較重要的部分。
二、建庫(kù)流程
illumina、kapa公司的truseq rna建庫(kù)方法是應(yīng)用廣泛的一種，真核普通轉(zhuǎn)錄組為例：
首先以mrna的poly(a)(高等生物*的)這個(gè)特點(diǎn)，讓帶有poly(t)探針的磁珠與總rna進(jìn)行雜交，使mrna和磁珠相結(jié)合在一起。接著回收磁珠，將帶有poly(a)的mrna從磁珠上洗脫下來(lái)。
然后用鎂離子溶液將洗脫下來(lái)的mrna打成片段，被打斷的mrna片段用隨機(jī)引物逆轉(zhuǎn)錄出鏈的cdna，再合成出第二鏈，這樣就有了雙鏈cdna。對(duì)雙鏈cdna末端修復(fù)，加a加接頭。片段選擇，pcr擴(kuò)增、純化（如果樣本中存在污染物，則需要結(jié)合試劑盒進(jìn)一步純化）。
注：
這個(gè)建庫(kù)方法對(duì)mrna的完整性有較高要求，因此如果mrna發(fā)生降解，那么磁珠只能吸附靠近3’端的mrna斷片，會(huì)在富集階段被洗脫，導(dǎo)致后數(shù)據(jù)有一定的偏差（在rna測(cè)序質(zhì)控時(shí)就能發(fā)現(xiàn)mrna的3’端以及5’端是否有偏移）。
一般在會(huì)測(cè)序前對(duì)總rna進(jìn)行一次質(zhì)檢，根據(jù)電泳質(zhì)檢結(jié)果中的18s和28s（rrna）兩個(gè)峰的高度以及峰的尖度來(lái)判斷rna的質(zhì)量，峰越高越尖（rin > 8.0）表示rna的完整度越好。除了mrna普通文庫(kù)構(gòu)建外，還有真核鏈特異性文庫(kù)、lncrna文庫(kù)、smallrna文庫(kù)等。針對(duì)一些ff(formalin-fixed)樣本和ffpe(paraffin-embedded)石蠟包埋樣本以及原核生物的總rna中去除rrna，不適合用上述mrna建庫(kù)方法。需要結(jié)合ribozero、ribominus等來(lái)去除，其實(shí)是針對(duì)rrna序列進(jìn)行雜交捕獲去除的原理來(lái)去除的。
oligo(dt)30磁性微球是基于堿基互補(bǔ)配對(duì)原則以及mrna含有poly(a)尾巴的特點(diǎn)設(shè)計(jì)而成，適用于從真核總rna，或直接從細(xì)胞、部分病毒、動(dòng)物和植物組織的粗提物中快速分離完整的高純度mrna。
磁性微球產(chǎn)品訂購(gòu)信息
產(chǎn)品名稱(chēng) 貨號(hào) 儲(chǔ)存溫度 保質(zhì)期
oligo(dt) 30 磁性微球 ms04t 2-8℃ 2年
truseq standed mrna library prepmrna文庫(kù)構(gòu)建試劑盒
kapa mrna文庫(kù)構(gòu)建試劑盒適用于illumina測(cè)序平臺(tái)，該試劑盒適用于去除了trna或富含poly(a)的10-400ng rna為模板構(gòu)建rna文庫(kù)所需的所有酶和緩沖液。
產(chǎn)品應(yīng)用：
基因表達(dá)；新的轉(zhuǎn)錄本和snp鑒定；拼接位點(diǎn)及基因融合識(shí)別。?產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
減少樣品手動(dòng)操作及總的時(shí)間從100ng ~ 4ug 的靈活dna樣本量kapa hifi酶在文庫(kù)擴(kuò)增中有強(qiáng)有力的表現(xiàn)試劑及反應(yīng)體系便于自動(dòng)化操作?kapa試劑盒產(chǎn)品訂購(gòu)信息
品牌 貨號(hào) 名稱(chēng) 規(guī)格
kapa kk8420 kapa stranded mrna-seq library preparation kit -illumina平臺(tái) 24sample
kapa kk8421kapa stranded mrna-seq library preparation kit -illumina平臺(tái) 96sample
truseq鏈?zhǔn)絤rna文庫(kù)制備試劑盒以精簡(jiǎn)、經(jīng)濟(jì)及可擴(kuò)展的方式對(duì)mrna-seq進(jìn)行文庫(kù)制備，可測(cè)量鏈取向。準(zhǔn)確測(cè)量基因和轉(zhuǎn)錄本豐度，并檢測(cè)編碼轉(zhuǎn)錄組中的已知特征和新特征。
產(chǎn)品英文名稱(chēng)：truseq® stranded mrna library prep
產(chǎn)品中文名稱(chēng)：truseq鏈?zhǔn)絤rna文庫(kù)制備試劑盒
illuminatruseq鏈?zhǔn)絤rna文庫(kù)制備試劑盒特點(diǎn)
truseq鏈?zhǔn)絤rna文庫(kù)制備試劑盒為編碼轉(zhuǎn)錄組分析提供了一個(gè)精簡(jiǎn)、高性?xún)r(jià)比且可擴(kuò)展的解決方案。它與多種樣本兼容。
精密準(zhǔn)確
此試劑盒可讓您測(cè)量mrna鏈方向性以檢測(cè)反義轉(zhuǎn)錄本，并為您增強(qiáng)轉(zhuǎn)錄本注釋和提高比對(duì)效率。其提供高度均勻的覆蓋能力，可更好地發(fā)現(xiàn)可變剪切、基因融合和等位基因特異性表達(dá)等特征。
性?xún)r(jià)比高
鏈信息可讓您識(shí)別rna轉(zhuǎn)錄本來(lái)自于2條dna鏈中的哪一條。此信息提高了轉(zhuǎn)錄本注釋的可信度，尤其針對(duì)非人類(lèi)樣本。識(shí)別鏈起源可增加比對(duì)片段百分比，從而降低每個(gè)樣本的測(cè)序成本。
可擴(kuò)展
該試劑盒能可靠檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)和低質(zhì)量樣本，且其工作流程可與眾多不同的研究設(shè)計(jì)兼容
illumina truseq® stranded mrna library prep產(chǎn)品訂購(gòu)信息
品牌 貨號(hào) 名稱(chēng) 規(guī)格
illumina 20020594 truseq® stranded mrna library prep 48 samples
illumina 20020595 truseq® stranded mrna library prep 96 samples
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