銀杏樹莖腐病病菌主要在土壤中存活，平時(shí)在土壤中營腐生生活，屬于弱寄生真菌。條件適宜時(shí)自苗木傷口處侵入寄主，因此寄主狀態(tài)和當(dāng)?shù)丨h(huán)境條件與該病害的發(fā)生有密切關(guān)系。
銀杏樹莖腐病病原為菜豆殼球孢菌，屬半知菌亞門、腔孢綱、球殼孢屬。菌核黑褐色，球形或橢圓形，細(xì)小而多如粉末狀，表面光滑。病菌在銀杏等樹苗上只產(chǎn)生菌核，一般不產(chǎn)生分生孢子器。分生孢子器生于病莖表皮的角質(zhì)層下，暗褐色，近球形;分生孢子長橢圓形，無色，單胞，尖端梢彎曲。分省孢子梗細(xì)長，不分枝，無色。
菜豆殼球孢菌比較喜高溫，生長最適宜的溫度為30℃~32℃，而對(duì)酸堿度要求不嚴(yán)，在ph4~9之間均能很好生長，但以ph4~7更為適宜。
銀杏樹莖腐病病菌主要在土壤中存活，平時(shí)在土壤中營腐生生活，屬于弱寄生真菌。條件適宜時(shí)自苗木傷口處侵入寄主，因此寄主狀態(tài)和當(dāng)?shù)丨h(huán)境條件與該病害的發(fā)生有密切關(guān)系。高溫高濕有利于該病菌擴(kuò)展、蔓延。在炎熱的夏季，由于土壤濕度過高，苗木幼莖的基部因受高溫灼傷，給病菌開辟了侵入途徑。所以高溫的影響是銀杏幼苗發(fā)病的誘因。
苗木木質(zhì)化程度越低此病的發(fā)病率越高。在苗木低洼積水時(shí)，發(fā)病率也明顯增加。銀杏莖腐病的發(fā)生受氣候條件的影響很大，一般梅雨季節(jié)結(jié)束，氣溫升高后10~14天開始發(fā)病，以后發(fā)病率逐漸增、加，至9月份以后停止發(fā)展。因此，可根據(jù)銀杏扦插苗，在6~8月份當(dāng)苗床高溫達(dá)30℃以上時(shí)，插后10d~15d即開始發(fā)病，嚴(yán)重時(shí)大面積接穗發(fā)黑死亡。試驗(yàn)證明，拮抗拒性放線菌能有效的印制該病病菌的蔓延擴(kuò)散。