生理落果的原因很多。最初落花、落幼果是由于授粉、受精不完全而引起的，尤其有些樹(shù)種的花器發(fā)育不全，如：杏花常出現(xiàn)雌蕊過(guò)短或退化或柱頭彎曲，不能授粉受精。
除上述外界不良條件影響外，水分過(guò)多造成土壤缺氧削弱根呼吸，導(dǎo)致?tīng)I(yíng)養(yǎng)不良，而水分不足又容易引起花、果柄形成離層。缺鋅也易引起落花落果。
6月份落果主要是由于營(yíng)養(yǎng)不良引起的。幼果的生長(zhǎng)發(fā)育，果肉細(xì)胞、胚乳細(xì)胞迅速分裂增加，需要大量的養(yǎng)分。尤其胚和胚乳的增長(zhǎng)，需要多量的氮才能形成構(gòu)成所需的蛋白質(zhì)，而此時(shí)有些樹(shù)種的新梢生長(zhǎng)也很快，同樣需要多量的氮。如果此時(shí)氮供應(yīng)不足，兩者之間就發(fā)生對(duì)氮爭(zhēng)奪的矛盾，常使胚的發(fā)育終止而引起落果，因此應(yīng)花前施氮肥。
磷是種子發(fā)育的重要元素之一；種子多，生長(zhǎng)素多，可提高座果率。花后施磷肥對(duì)減少“六月落果”有顯著效果，可提高早期和總的座果率。
水不僅是一切生理活動(dòng)所必須，果實(shí)發(fā)育和新梢旺長(zhǎng)都大量需水，由于葉片的滲透壓比果實(shí)高，此時(shí)缺水，果實(shí)的水被葉片爭(zhēng)奪易于脫落。過(guò)分干旱，樹(shù)木整體造成生理干旱，導(dǎo)致嚴(yán)重落果。另外，幼胚發(fā)育初期生長(zhǎng)素供應(yīng)不足，只有那些受精充分的幼果，種胚數(shù)多而發(fā)育好，能產(chǎn)生大量生長(zhǎng)素，對(duì)養(yǎng)分水分競(jìng)爭(zhēng)力強(qiáng)而不脫落。
“采前落果”的原因是將近成熟時(shí)，種胚產(chǎn)生生長(zhǎng)素的能力逐漸降低之故，與樹(shù)種、品種特性有關(guān)，也與高溫干旱或雨水過(guò)多有關(guān)。日照不足或久旱忽降大雨。會(huì)加重采前落果。不良的栽培技術(shù)，如過(guò)多施氮和灌水，栽種過(guò)密或修剪不當(dāng)，通風(fēng)透光不好，也都會(huì)加重采前落果。