苗圃土壤播種或扦插前消毒，可消滅病菌，確保苗木安全。常用且效果較好的方法有以下幾種：
五氯硝基苯消毒。每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合后，再與12千克細(xì)土拌勻。播種時下墊上蓋。防治由土壤傳播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
福爾馬林消毒。每平方米苗圃用福爾馬林50毫升加水10千克均勻地噴灑在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體揮發(fā)，兩天后可播種或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。
波爾多液消毒。每平方米苗圃地用等量式（硫酸銅：石灰：水的比例為1：1：100）波爾多液2．5千克，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對防治黑斑病、斑點病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病效果明顯。
多菌靈消毒。多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50％可濕性粉劑，每平方米拌1．5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制咸毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。
硫酸亞鐵消毒。用3％溶液處理土壤，每平方米用藥液0．5千克，可防治針葉花木的苗枯病，桃、梅縮葉病，兼治花卉缺鐵引起的黃化病。
代森銨消毒。代森銨殺菌力強(qiáng)，能滲入植物體內(nèi)，在植物體內(nèi)分解后還有一定肥效。用50％水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3千克稀釋液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病和球根類種球的多種病害。