常見瓊脂糖凝膠電泳錯誤
1. 使用水代替凝膠緩沖液或電泳緩沖液
瓊脂糖凝膠配制和電泳通常使用ta---e或tbe緩沖液進行。 如果您使用水進行凝膠配制和跑電泳，您的凝膠將在電泳時很快融化。 ta---e、tbe和水都是透明的溶液；因此，在配制時請檢查容器的標簽。
2. 使用了錯誤濃度的瓊脂糖
dna---凝膠電泳所需的標準瓊脂糖濃度為1.0%。濃度越高，小條帶的分辨率越高；反之，瓊脂糖濃度越低，大分子量條帶的分辨率和分離程度越高。 如果使用了錯誤濃度的瓊脂糖凝膠，就很難確定dna---條帶的可靠性。 當使用低百分比濃度瓊脂糖凝膠時要小心；它們往往較軟，更容易破損。
3. 顛倒了電泳槽與電源連接線的方向
這是很容易犯的錯誤，但是如果你不小心顛倒了電泳槽與電源連接線的方向，結(jié)果將會非常令人沮喪。 因為樣本會向相反方向移動，而且由于上樣孔與凝膠的末端很近，您會丟失所有的樣本。 開始您的電泳后確保dna---樣本以正確的方向進入凝膠；如果您看到您的條帶向錯誤的方向移動，請顛倒電源線的方向。
瓊脂糖凝膠中實現(xiàn)更高分辨率的5種方法
1. 什么是適合于您的瓊脂糖凝膠電泳的正確緩沖液？
進行dna---瓊脂糖凝膠電泳所需的緩沖液類型，主要取決于dna---片段大小和電泳后的應用。 進行瓊脂糖凝膠電泳蕞常見的兩種緩沖液是tris-乙酸edta---緩沖液（ta---e）和tris-硼酸edta---緩沖液（tbe）。 因為兩種緩沖液的ph值都接近中性，所以緩沖液中的dna---都帶凈負電荷并向凝膠裝置正極(+)方向移動。
對于小片段dna--- (<1000 bp)，如果沒有計劃從凝膠中回收dna---，那么*使用1x tbe緩沖液。 tbe溶液具有高離子強度和緩沖能力。 ta---e緩沖液，結(jié)合低電場強度（1–2 v/cm），蕞適于分離大dna---（12–15 kb）。 ta---e緩沖液與瓊脂糖相互作用，相比較tbe緩沖液中的瓊脂糖凝膠，會產(chǎn)生更低的電滲透，更大的表面孔經(jīng)，和更低的電場強度，可降低大dna---的smea---r現(xiàn)象。
2. 為了獲得*的分辨率您需要的dna---上樣量是多少？
dna---樣本量可以是各種各樣的，關(guān)鍵是您正在分離的dna---條帶的dna---含量。 蕞小可能被檢測的dna---的量依賴于所使用的染色方法（例如，使用sybr sa---fe dna---凝膠染色可以檢測出 3 ng的dna---。 一個清晰且界限分明的條帶中dna---蕞大量為100 ng。
3. 凝膠配制如何影響條帶分辨率？
*的瓊脂糖凝膠厚度為3-4 mm；厚度超過5mm的凝膠會產(chǎn)生模糊的條帶和更高的染色背景。與此類似，覆蓋在電泳裝置中凝膠上的電泳緩沖液厚度為3-5mm。 緩沖液太多會降低dna---遷移率并造成條帶變形。
梳齒的厚度也很重要，它會顯著影響分辨率。 薄梳(1 mm)會給出界限清晰的條帶，而厚梳會產(chǎn)生厚條帶，導致分辨率降低。 梳齒應充分清洗以去掉可能的殘留物，否則可能會在泳道內(nèi)產(chǎn)生波浪線。 此外，在去除梳齒前要先加入緩沖液，以減少瓊脂糖孔附近的撕裂。
4. 凝膠類型影響條帶分辨率嗎？
根據(jù)dna---的應用和大小，瓊脂糖類型會影響dna---分辨率。 凝膠強度，凝膠融解溫度，和電滲透是選擇合適瓊脂糖時的重要因素。
5. 您如何選擇瓊脂糖凝膠電泳運行環(huán)境？
*的凝膠電泳裝置內(nèi)的電壓是4–10 v/cm（正極和負極之間的距離，不是凝膠長度）。 如果電壓太低，遷移率會降低，而且條帶會因擴散而變寬。 如果電壓太高，條帶分辨率會降低，這主要是由于凝膠過熱引起的。