根本原因在于土壤微生物。
新開(kāi)發(fā)土壤中的微生物是豐富多樣的，既有真菌、細(xì)菌、放線菌，也有原生動(dòng)物，既有能夠幫助分解根系分泌物、分解有機(jī)質(zhì)、分解有害物質(zhì)、釋放土壤肥力、分泌蛋白酶、分泌抗生素等的有益微生物存在，同時(shí)也存在著喜歡在逆境情況下（厭氧、高溫、高濕、干旱等）生長(zhǎng)，以作物為營(yíng)養(yǎng)和食物來(lái)源的有害微生物。
優(yōu)良的土壤環(huán)境孕育了大量而種類豐富的有益微生物，與此相反，有害微生物的生存環(huán)境則相對(duì)較惡劣，既有來(lái)自于土壤環(huán)境的限制，也有來(lái)自于天敵或競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手——有益微生物的大力打壓，生存空間極少，大多選擇休眠狀態(tài)。
隨著我們?nèi)藶榈母蓴_和破壞，如連作、不合理施用化肥和農(nóng)藥以及不合理灌溉，造成土壤酸化、鹽漬化、板結(jié)、通氣性下降、重金屬污染、有機(jī)質(zhì)下降等系列問(wèn)題。*限制了有益微生物的繁殖，相反，連作為有害微生物的繁殖提供了豐富的營(yíng)養(yǎng)和寄主，土壤微生物派系逐漸發(fā)生逆轉(zhuǎn)，有害微生物逐漸占據(jù)上風(fēng)，根區(qū)土壤微生物生態(tài)失衡，結(jié)果土傳病蟲害開(kāi)始爆發(fā)。這就是土傳病蟲害的根本來(lái)源。