生物顯微鏡是用來觀察生物切片、生物細(xì)胞、細(xì)菌以及活體組織培養(yǎng)、流質(zhì)沉淀等的觀察和研究，同時(shí)可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細(xì)小顆粒等物體。它的正常使用離不日常維護(hù)，包括：
生物顯微鏡的安放應(yīng)選擇干燥清潔的房間，以避免光學(xué)部件發(fā)霉、金屬部分生銹以及粘滿灰塵。顯微鏡使用完畢后，即放回箱（柜）內(nèi)，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操劑。
生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、減類或揮發(fā)性強(qiáng)的化學(xué)藥品放在一起，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當(dāng)觀察含液體的標(biāo)本時(shí)，一般都要蓋上蓋玻片;若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學(xué)物質(zhì)時(shí)，應(yīng)把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后觀察。但由于進(jìn)行中藥顯微鑒定時(shí)，經(jīng)常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，防止液體流到載物臺(tái)上，吏不要沾到物鏡上。
不要自行拆卸生物顯微鏡各部件;鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，避免灰塵從鏡筒上部進(jìn)入;透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，如有灰塵，先用柔軟毛筆輕輕拂去，再用柔軟的清潔細(xì)布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油迷試擦，但注意不要在透鏡表面劃出條紋。如鏡片有輕度長(zhǎng)霉，用擦繞紙擦不去時(shí)，可用棉簽蘸少許70%乙醇與30%乙迷混合液輕輕拭撩。
生物顯微鏡不應(yīng)在直射陽光下暴曬，也不要放在靠近爐子或暖氣的地方，以避免過劇的冷熱變化引起透鏡和機(jī)件的脫膠、變形或損壞。
清潔接物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后即用撩鏡紙蘸少許擦鏡液拭擦（不要用乙醇）;若背面須清潔時(shí)，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去灰塵。
使用油鏡后，須將生物顯微鏡鏡頭上的香柏油拭探干凈（可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能滲入鏡頭內(nèi)部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落）。
加機(jī)械部分不靈活，可用細(xì)綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩（不得用乙醇，因?yàn)檫@些溶劑會(huì)侵蝕油漆），再用少許液體石服潤(rùn)滑;旋扭過緊不要強(qiáng)行扭動(dòng)，以免損壞。