抗體藥物的特異性和有效性高度依賴于抗體的氨基酸序列 和抗體上存在的特異性翻譯后修飾。在單克隆抗體的研發(fā) 階段，主要是通過 dna 測序來進行初次驗證，但是對于一 些預臨床的抗體藥物，可能來自于免疫的宿主、商業(yè)化的 抗體產品、合作實驗室的抗體樣品或者來自于雜交瘤細胞 的產物，很多都無法得到其 cdna 序列；在這種情況下， 我們需要直接在蛋白水平進行單抗分子的完整氨基酸序列 及其翻譯后修飾分析，從而解決預臨床實驗中存在的一些 問題，同時對單抗產品的質量進行控制分析。
在沒有蛋白氨基酸序列的前提下進行蛋白的氨基酸 序列和翻譯后修飾分析稱為蛋白從頭測序（de novo sequencing）。實現(xiàn)蛋白從頭測序主要有兩種方法： edman 降解法和質譜分析法。edman 降解法一般適合 15-20 個氨基酸組成的肽段，不能超過 30 個氨基酸，且對 于樣品純度要求也比較高，至少 97% 純度以上；同時還 要進行蛋白酶解、肽段分離純化和肽段逐一上機測試，另 外，對于一個單抗進行 edman 降解測序的時間成本和經(jīng) 濟成本也比較高。而與傳統(tǒng)的 edman 降解法相比，基于 質譜的方法更加高通量、率和低成本，即使在已知蛋 白氨基酸序列的情況下，從頭測序的方法也可以發(fā)現(xiàn)一些 新的蛋白變體，這些蛋白變體可能來自未知的突變、剪切 拼接和各種翻譯后修飾，從而為單抗序列提供更加全面的 信息，因此基于質譜的蛋白 de novo 測序法已經(jīng)逐漸進入 生物制藥產品的研發(fā)階段。
質譜從頭測序的方法簡單、快速并且直接，但是也存在很 多挑戰(zhàn)：為了得到盡可能豐富的碎片信息，我們需要采用
多種酶酶切和多種質譜碎裂方式組合的高分辨、高質量精 度質譜進行數(shù)據(jù)采集，然后通過蛋白 de novo 測序軟件的 分析和拼接，得到終的單抗氨基酸序列信息，分析流程 如圖 1 所示。在此，我們使用了 trypsin，chymotrypsin， lysc，gluc 和 aspn 5 種酶進行多酶酶切，同時使用我們新的三合一超高分辨質譜 fusion lumos 進行高質量的 高能碰撞解離（hcd）和電子轉移解離（etd）數(shù)據(jù)采集。 目前，在質譜數(shù)據(jù)采集過程中，常用的碎裂方式為：碰撞 誘導激活解離（cid）和高能碰撞解離（hcd）兩種解離方式， 由于 hcd 碎裂產生的二級原始譜圖的質量更好，與理論 的匹配度更高，因此我們更多的采用 hcd 來進行二級碎 裂，產生相應的 b，y 碎片離子。而電子轉移解離（etd） 作為一種補充碎裂方式，可以產生與 b，y 離子互補的 c， z 離子，從而更加準確的確定氨基酸序列；另外 etd 可以 保留側鏈易于丟失的一些翻譯后修飾基團，比如磷酸化基 團，因此可以準確的確定蛋白質翻譯后修飾的位點；同時由于電子轉移的特征，etd 偏向于碎裂帶電荷數(shù)目比較高、 質核比相對比較低的肽段，從而可以實現(xiàn)一些大肽段的有 效鑒定。綜合考慮，etd 與 hcd 相互結合，可以準確確 定完整的氨基酸序列以及翻譯后修飾位點的信息。
2 實驗部分 2.1 儀器和試劑
質譜儀器：賽默飛fusion lumos（賽默飛世爾科技，美國）；
色譜儀器：easy nano1000 液相色譜系統(tǒng)（賽默飛世爾科技， 美國）； 色譜柱：home made nano column（c18，2 µm， 75×150 µm，100 å）；
試劑：色譜級甲酸、二次去離子水、色譜級乙腈；
2.2 儀器方法
色譜分析條件：具體見表 1；
質譜分析條件：具體見表 2；
2.3 數(shù)據(jù)分析方法
使用 p novo 軟件對原始譜圖進行 de novo 分析，得到終 的肽段列表，然后再結合單克隆抗體的氨基酸結構特征進行 蛋白水平上的數(shù)據(jù)整合。
3. 結果與討論 在 這 里， 我 們 使 用 了 trypsin，chymotrypsin，lysc， gluc 和 aspn 5 種酶進行多酶酶切，同時使用我們新的 三合一超高分辨質譜 fusion lumos 進行高質量的高能碰 撞解離（hcd）和電子轉移解離（etd）數(shù)據(jù)采集，并且 通過 p novo 軟件數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)整合，得到終的氨基 酸序列信息。
為了得到豐富的肽段和碎片離子的信息，我們使用了 5 種 不同的酶進行酶解，相應的一級色譜質譜流出圖如圖 2 所 示，可以看到使用不同的酶所產生的肽段數(shù)目和豐度不 同：lysc 和 trypsin 主要產生堿性氨基酸結尾的肽段， chymotrypsin 主要產生疏水性氨基酸結尾的肽段，gluc 主要產生酸性氨基酸結尾的肽段，aspn 主要產生天冬氨 酸開頭的肽段，因此肽段的帶電荷數(shù)目和長度不同，也 就造成有些肽段適合進行 hcd 分析，有些肽段適合進行 etd 分析，所以我們在后續(xù)的質譜分析中，分別對同一母 離子進行了這兩種碎裂方式的解離，從而得到完整的 b， y，c，z 離子的信息，更加有利于后續(xù)的氨基酸序列的確 定和整合。以其中的一個母離子（ m/z =796.3997，z=3） 為例，如圖 3 所示，可以看到在不同的碎裂方式下，產生 的碎片離子的質核比和強度也是不同的，因此可以得到更 加全面的肽段氨基酸序列的信息。
基于高質量精度、高分辨率和高靈敏度兼具的原始質譜數(shù) 據(jù)，我們通過 p novo 軟件搜庫和人工整合后，得到了抗 體的完整序列信息。本文中以 herceptin 抗體的 de novo 測序為例，終通過 5 種不同酶切和 2 種不同的碎裂方式， 得到了如圖 4 所示的氨基酸序列信息，并且與理論氨基酸 序列*一致，因此我們可以證明該分析流程可以直接應 用到常規(guī)抗體的 de novo 分析中。
針對單抗重要的 cdr 區(qū)域，我們對來源于該區(qū)域肽段 的 hcd 和 etd 原始譜圖分別進行了確認。以輕鏈區(qū)域的 rasqdvntavawyqqkpgk 為例，該肽段對應的 hcd 和 etd 碎片離子匹配譜圖如圖 5 所示，hcd 碎裂譜圖中碎片 離子的覆蓋度為 78%，etd 碎裂譜圖中碎片離子的覆蓋度 為 86%，兩者結合可以實現(xiàn)碎片離子的 100% 覆蓋，由此 我們可以確定該 cdr 區(qū)域的氨基酸序列信息。同理，其它 的 cdr 區(qū)域也都分別進行了 hcd 和 etd 譜圖的確認，另 外對于 fab 和 fc 區(qū)域，也都進行了譜圖確認。由此可見 該分析流程可以準確、快速的應用到其它的蛋白藥物的 de vovo 分析中。
4. 結論 本文基于新的三合一超高分辨質譜平臺 fusion lumos, 通 過 trypsin，lysc，chymotrypsin，gluc 和 aspn 5 種酶進 行多酶酶切，采用 hcd 和 etd 兩種互補碎裂方式，以及后 續(xù)的軟件分析和人工確認，建立了單抗藥物簡單、快速的 de novo 質譜測序分析流程，為未知氨基酸序列蛋白藥物的 分析和確認提供了質譜方法，有望大規(guī)模應用于生物制藥企 業(yè)的早期研發(fā)中。