有多種病原菌都會(huì)引起花卉作物的根腐病，給花卉生產(chǎn)造成嚴(yán)重?fù)p失。這些病原菌能夠造成介質(zhì)中的花卉幼苗在出苗前或出苗后死亡，或者對(duì)成熟植株造成慢性或急性的根系腐爛。這些根腐病病原菌與具有特定寄主的銹菌、灰霉菌不同，通常它們能夠侵染的植物種類(lèi)范圍很廣。
在溫室花卉生產(chǎn)的根腐病主要是由四類(lèi)真菌和一些細(xì)菌所引起的。即腐霉菌、疫霉菌、絲核菌、根串珠霉菌和細(xì)菌類(lèi)的歐氏桿菌等。針對(duì)不同的病原菌，其農(nóng)業(yè)防治及化學(xué)防治的方法也不相同，因此判斷是哪種真菌造成的危害是至關(guān)重要的。
1.腐霉菌
廣泛存在于未經(jīng)殺菌處理過(guò)的土壤中，也可能存在于沖洗過(guò)的細(xì)沙及某些草炭介質(zhì)中。腐霉菌與水有著密切的關(guān)系，因?yàn)樗麄儺a(chǎn)生的游動(dòng)孢子要通過(guò)水進(jìn)行散播或游動(dòng)。盡管這些病原菌和土壤中其他病原菌相比不算是很強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)者，但是它們可以通過(guò)球形、厚壁的休眠孢子（卵孢子）在土壤中存活多年。這些卵孢子也通常存在于患病組織中，檢查這些卵孢子可以用來(lái)辨別病原菌。
腐霉菌引起的根腐通常發(fā)生在含水量大、排水性差的栽培容器內(nèi)和溫度不適宜的情況下。過(guò)多地施用氮肥可以使病菌迅速繁殖生長(zhǎng)。受到腐霉菌影響產(chǎn)生根腐的植株往往表現(xiàn)生長(zhǎng)受阻，甚至萎蔫的現(xiàn)象。葉片表現(xiàn)灰暗，甚至發(fā)黃，近似缺氮的表現(xiàn)。幾乎所有的作物發(fā)生腐霉性根腐后，都會(huì)表現(xiàn)出變色的癥狀，通常是從小的側(cè)根或根尖開(kāi)始變色，根系產(chǎn)生淡褐色的損傷，導(dǎo)致根的外層開(kāi)始腐爛，只剩下很細(xì)的根的內(nèi)層髓心。隨著進(jìn)一步發(fā)展，根系變成暗褐色甚至到黑色，且浸透水分。輕輕沖洗根系，則腐爛的病根很容易被沖掉。
在無(wú)土介質(zhì)中也能發(fā)現(xiàn)腐霉菌，經(jīng)加熱消毒的土壤和無(wú)土介質(zhì)都可很容易感染上腐霉菌。
主要傳播途徑有：
使用不潔的工具、花盆等；人或?qū)櫸镌诨旌辖橘|(zhì)上行走；在未經(jīng)徹底清掃的種植床或上盆區(qū)地面上傾倒混合介質(zhì)；某些飛蟲(chóng)也能引起腐霉菌在溫室間的傳播。
土壤在消毒時(shí)，如果消毒時(shí)間太長(zhǎng)或溫度太高，那么這樣的土壤一旦感染上腐霉菌，則會(huì)造成更為嚴(yán)重的根腐現(xiàn)象，因?yàn)檫@時(shí)的腐霉菌幾乎沒(méi)有“天敵”。
一旦根部開(kāi)始腐爛，腐霉菌就很難控制，因此必須以預(yù)防為主。措施是先將土壤加熱至82℃，并保持該溫度30分鐘，時(shí)間太長(zhǎng)或溫度過(guò)高會(huì)將基質(zhì)中有益生物也殺死，然后將消毒過(guò)的土壤進(jìn)行遮蓋和儲(chǔ)藏，并防止其和未消毒的土壤接觸受感染。商業(yè)用無(wú)土介質(zhì)的貯藏也應(yīng)特別注意這一點(diǎn)。
如果用水塘水或流水灌溉，需注意入水管不應(yīng)放置太深，以防水下部沉積物被吸入管內(nèi)。如果灌溉水被腐霉菌污染，應(yīng)在使用前對(duì)水進(jìn)行消毒。對(duì)漲落潮灌溉系統(tǒng)的蓄水池要進(jìn)行遮蓋，防止植物殘片進(jìn)入。另外，對(duì)回流水進(jìn)行過(guò)濾處理，以去除水中土壤和植物殘片，使蓄水池免受腐霉菌污染。
對(duì)可能接觸種植基質(zhì)的苗床、上盆工作臺(tái)、工具和器具進(jìn)行消毒。并定期對(duì)漲落潮灌溉系統(tǒng)的蓄水池進(jìn)行全面徹底的消毒。對(duì)有腐霉菌病史的溫室，應(yīng)盡早在種植初期對(duì)溫室進(jìn)行消毒。生物類(lèi)藥劑可在移苗前、移苗時(shí)或移苗后加入種植基質(zhì)使用，甚至還可在移苗前，直接被用來(lái)處理穴盤(pán)苗。但在使用生物類(lèi)滅菌劑前后十天內(nèi)，切勿使用化學(xué)殺蟲(chóng)劑。
為達(dá)到理想的防止效果，也許需要多次使用生物類(lèi)藥劑和殺真菌類(lèi)藥劑。某些腐霉菌還會(huì)產(chǎn)生抗性。當(dāng)使用一些化學(xué)殺蟲(chóng)劑效果不佳時(shí)，可換用其它產(chǎn)品。
2.疫霉菌
疫霉菌也廣泛存在于未經(jīng)殺菌處理過(guò)的土壤中，也可能存在于沖洗過(guò)的細(xì)沙及某些草炭介質(zhì)中，為兩棲性真菌，兼性寄生或腐生，絕大多數(shù)是兼性寄生。高濕環(huán)境有利于疫霉菌的生長(zhǎng)與繁衍，其孢子囊和游動(dòng)孢子可經(jīng)風(fēng)、雨、帶菌種苗、土壤及灌溉水傳播。病菌侵入寄主植物后即可產(chǎn)生大量孢子囊，并釋放游動(dòng)孢子進(jìn)一步再侵染，在溫濕度合適的情況下，病菌的數(shù)量迅速上升，在極短的時(shí)間內(nèi)導(dǎo)致病害流行。疫霉菌引起的根腐也通常發(fā)生在含水量大、排水性差的情況下。
3.絲核菌
大多數(shù)的盆栽花卉容易受絲核菌的侵染產(chǎn)生根腐病。這種病菌廣泛存在于未經(jīng)過(guò)蒸汽消毒或藥物熏蒸的土壤中。這種病原菌很容易通過(guò)顯微鏡來(lái)識(shí)別，因?yàn)槠渚z分枝成典型的直角。盡管它不能產(chǎn)生可經(jīng)空氣傳播的孢子或游動(dòng)孢子，但絲核菌能夠產(chǎn)生一種堅(jiān)硬的休眠狀態(tài)結(jié)構(gòu)，叫做硬化孢子，能夠在植物殘?bào)w或土壤中存活多年。
絲核菌很容易通過(guò)花盆或其他設(shè)備工具從一個(gè)地方傳播到其他地方。絲核菌能夠使根系、根莖甚至地上部分都產(chǎn)生傷害。最初，病根的發(fā)展是不連續(xù)的，產(chǎn)生淺褐色到深褐色的病斑。隨著病害的發(fā)展，病斑連接到一起，從而使根系腐爛死亡。與腐霉菌和疫霉菌引起的根腐病不同的是，絲核菌根腐病不出現(xiàn)腐爛的根系浸滿水分的特征。根系被侵染后，病菌還會(huì)進(jìn)一步向上侵染，引起根莖腐爛或莖部腐爛，且在病部組織常常形成縱裂。