我國許多湖泊、水庫和河流的污染，包括近兩年來藍藻的大面積暴發(fā)，近年來我國近海赤潮的頻繁出現(xiàn)以及近日青島等沿海城市滸苔的出現(xiàn)，都與有關(guān)水域的污染尤其是無機營養(yǎng)物氮、磷的污染有直接的關(guān)系。我國經(jīng)濟的高速發(fā)展，是以在工農(nóng)業(yè)的生產(chǎn)中高能耗、高資源消耗為代價的。在生產(chǎn)過程中沒有被利用的能源和資源以污水、廢氣和固體廢物的形式排入環(huán)境，造成對水、大氣和土壤環(huán)境的污染。大氣中污染物的沉降和降水流經(jīng)農(nóng)田和城鎮(zhèn)地面的地表徑流，都會將其污染物后進入水體，成為各種形態(tài)的污染物的后匯集之處。
近年來頻繁發(fā)生湖泊、水庫、河流等淡水水體的藍藻暴發(fā)，以及硅藻、金藻和黃群藻的水華；后者跟前者不同，一般在初春、晚秋或初冬時低溫、低光照和低營養(yǎng)鹽濃度的條件下便可發(fā)生。還有近海海域的赤潮暴發(fā)，都與其富營養(yǎng)化，亦即水體中的氮、磷等無機營養(yǎng)鹽濃度過高有直接的關(guān)系；它們是由點污染源和非點污染源而進入水體的。過去很長時間直到如今，對于水體富營養(yǎng)化的來源，著重于點污染源控制和治理，而忽視非點污染源（或稱面污染源）的控制與治理。實際上后者進入水體的氮、磷等營養(yǎng)物并不比前者少。例如，南水北調(diào)東線工程的水力樞紐-山東省南四湖流域，經(jīng)調(diào)查確定，其點污染源與面污染源的cod負荷比例為85：15，而氮、磷負荷比則為51：49（大致為1：1）。我國農(nóng)田依靠施用大量甚至過量的化肥來獲得高產(chǎn)，而實際上農(nóng)作物真正吸收的化肥只占其中的一小部分，致使施用的大部分化肥隨降水徑流而流失，并后進入水體。因此，一些水網(wǎng)地帶河流中的氨氮高達10mg/l,總磷則超過1mg/l。可見，我國農(nóng)田地表徑流攜帶到水體的氮、磷的現(xiàn)象是普遍的。
近海海域的赤潮暴發(fā)主要起源于陸源的營養(yǎng)物質(zhì)污染。隨著現(xiàn)代化工、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的迅猛發(fā)展，沿海地區(qū)人口的增多，大量工業(yè)廢水、生活污水和農(nóng)田降水徑流排入海洋，其中相當(dāng)一部分未經(jīng)處理就直接排入海洋，導(dǎo)致近海和海灣富營養(yǎng)化程度日趨嚴(yán)重。同時，由于沿海開發(fā)程度的增高和海水養(yǎng)殖業(yè)的擴大，也帶來了海洋生態(tài)環(huán)境和養(yǎng)殖業(yè)自身污染問題；海運業(yè)的發(fā)展導(dǎo)致外來有害赤潮種類的引入；氣候的變化也導(dǎo)致了赤潮的頻繁發(fā)生。
藍藻暴發(fā)與危害藍藻是藻類生物，又叫藍綠藻；藍藻是早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環(huán)境變?yōu)橛醒醐h(huán)境起了巨大的作用。有不少藍藻（如魚腥藻）可以直接固定大氣中的氮（因含有固氮酶），以提高土壤肥力，使作物增產(chǎn)。還有的藍藻為人們的食品，如著名的發(fā)菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。
在一些富營養(yǎng)化的水體中，有些藍藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一層藍綠色而有腥臭味的浮沫，稱為“水華”。大規(guī)模的藍藻爆發(fā)，被稱為“綠潮”，跟海洋發(fā)生的赤潮對應(yīng)。綠潮引起水質(zhì)惡化，嚴(yán)重時耗盡水中氧氣而造成魚類的死亡；更為嚴(yán)重的是，藍藻中有些種類（如微囊藻）還會產(chǎn)生毒素（簡稱mc），大約50%的綠潮中含有大量mc。mc除了直接對魚類、人畜產(chǎn)生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。mc耐熱，不易被沸水分解。因此，必須對藍藻污染的飲用水源進行防護，防止藍藻入侵飲用水源保護區(qū)；一旦飲用水源被藍藻污染，必須對污染水進行特殊的凈化，如投加粉末活性炭進行混懸吸附，或者建造粒狀活性炭濾池，對藍藻分泌物（包括惡臭物質(zhì)和有毒害物質(zhì)）予以過濾吸附去除。此外，鰱魚（白鰱和花鰱）是藍藻等藻類的天敵，可以通過投放此類魚苗來治理藻類，防止藻類爆發(fā)。
藍藻爆發(fā)成因為富營養(yǎng)化。過量的養(yǎng)分主要來自于以下來源：農(nóng)田地表徑流造成的化肥流失，化肥是很多富營養(yǎng)化水域的主要營養(yǎng)物來源，例如，密西西比河流域，67％的氮流入水體，隨之流入墨西哥灣；波羅的海和太湖中超過50%的氮也來自農(nóng)田徑流的化肥流失， 生活污水，包括人類的生活污水和含磷洗滌劑和清潔劑等，畜禽養(yǎng)殖，畜禽的糞便含有大量營養(yǎng)物如氮和磷，這些元素都能導(dǎo)致富營養(yǎng)化，工業(yè)污染，包括化肥廠廢水排放。
海水的溫度是赤潮發(fā)生的重要環(huán)境因子，20—30℃是赤潮發(fā)生的適宜溫度范圍。研究發(fā)現(xiàn)，一周內(nèi)水溫突然升高2℃ 以上是赤潮發(fā)生的先兆。海水的化學(xué)因子，如鹽度變化也是促使生物因子—赤潮生物大量繁殖的原因之一。鹽度在26—37的范圍內(nèi)均有發(fā)生赤潮的可能；海水鹽度在15—21.6時，容易形成溫躍層和鹽躍層。溫、鹽躍層的存在為赤潮生物的聚集提供了條件，易誘發(fā)赤潮。由于徑流、涌升流、水團或海流的交匯作用，使海底層營養(yǎng)鹽上升到水上層，造成沿海水域高度富營養(yǎng)化。營養(yǎng)鹽類含量急劇上升，引起硅藻的大量繁殖。這些硅藻繁殖過盛，特別是骨條硅藻的密集常常引起赤潮。這些硅藻類又為夜光藻提供了豐富的餌料，促使夜光藻急劇增殖，從而又形成粉紅色的夜光藻赤潮。在赤潮發(fā)生時，水域多為干旱少雨，天氣悶熱，水溫偏高，風(fēng)力較弱，或者潮流緩慢等水域環(huán)境。