1、農(nóng)村污水處理的工程量大
①農(nóng)村基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)虧欠，因此很多農(nóng)村污水處理工程項目不要建設(shè)室外排水設(shè)施(包括污水收集管道和污水處理設(shè)施)，還可能會延伸到室內(nèi)的衛(wèi)生間改造;
②中過6億人口在農(nóng)村。所以，工程量巨大，施工復(fù)雜，這就增加了農(nóng)村污水處理的工程量。
2、農(nóng)村污水處理工程的單位建設(shè)成本和運行成本高
以村落為主要集聚形式的農(nóng)村，其人口規(guī)模與居住密度都遠(yuǎn)低于城市。除土地成本以外，在相同出水水質(zhì)要求下，污水處理設(shè)施的單位建設(shè)成本和運行成本普遍高于城市。農(nóng)村污水處理工程在很多情況下是對現(xiàn)村莊的改造，涉及對現(xiàn)道路和綠化等設(shè)施的破壞與恢復(fù)，從而使農(nóng)村污水處理工程的單位造價大幅提升?？傮w而言，按人均或戶均投入計算，農(nóng)村污水處理的成本要高于城市污水處理的成本。
3、農(nóng)村污水治理組織實施成本高
農(nóng)村污水處理在管理功能上涉及基礎(chǔ)設(shè)施、衛(wèi)生健康、環(huán)境保護(hù)、水利與水源、農(nóng)村與農(nóng)業(yè)等多個方面，然而目前政府管理體制并未將污水處理系統(tǒng)的多個環(huán)節(jié)和多種功能按照不同政府部門的管理職能進(jìn)行機結(jié)合，農(nóng)村污水處理同時存在條塊分割、組織不力、監(jiān)管缺位等現(xiàn)象。此外，農(nóng)村污水處理具農(nóng)村工作的一般性征，與城市相比，農(nóng)村情況復(fù)雜，農(nóng)村居民的整體素質(zhì)和基層干部的管理水平不及城市，使得農(nóng)村污水處理組織實施的難于城市。因此，農(nóng)村污水處理組織實施成本高于城市污水處理。
4、農(nóng)村污水處理資金能力低
經(jīng)費短缺一直是制約農(nóng)村生活污水處理的難題。約 60 個建制村，其中很多村缺乏必要的設(shè)施，迫切需要資金。由于沒科學(xué)的集資機制和渠道，民間資金難以投入，單純依靠財政預(yù)算，對于地方財政困難的別是西部欠發(fā)達(dá)地區(qū)，難度大。
5、農(nóng)村污水處理工藝、技術(shù)不夠成熟
我農(nóng)村污水治理工作起步較晚，對于污水治理的意識還是相對薄弱，同時也缺乏在農(nóng)村污水處理技術(shù)方面的深入研究。人提出借用外的經(jīng)驗，盡管外已經(jīng)形成了一套的、成熟的污水治理體系，但是并不完適用于我農(nóng)村現(xiàn)狀。的污水處理技術(shù)不一定是效的，只符合我農(nóng)村現(xiàn)狀的低耗的污水處理技術(shù)才是好的。探索率、低投入、低運行成本，適用于分散農(nóng)村污水處理的技術(shù)仍是我農(nóng)村污水治理的重要方向。
6、農(nóng)村污水處理缺乏規(guī)劃指導(dǎo)
在目前的農(nóng)村污水處理實踐中，存在以下幾種突出的規(guī)劃問題，即過度依賴集中處理模式，忽視分散污水處理技術(shù)的;集中污水處理系統(tǒng)布局不，存在城鄉(xiāng)分割、行政區(qū)劃分割的現(xiàn)象;在農(nóng)村分散污水處理中套用城市的規(guī)劃技術(shù)，導(dǎo)致不恰當(dāng)?shù)奈鬯幚硪?guī)模和處理深度;對污水處理過程理解片面，管網(wǎng)建設(shè)和后期運維跟不上水規(guī)模，導(dǎo)致多數(shù)污水“建而不用”。
7、農(nóng)村污水處理缺乏技術(shù)指導(dǎo)
在實踐中存在兩大誤區(qū):
① 成本與技術(shù)誤區(qū)。污水處理屬于基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)范疇，建成后的設(shè)施應(yīng)能夠正常運行，且使用壽命應(yīng)保持在二、三十年以上。如因資金不足和急于求成導(dǎo)致效建設(shè)，則是較大的浪費;相反，則是盲高投入，照搬城市污水收集處理的方式與技術(shù)模板，或試圖以昂貴的設(shè)備投資和動力消耗來減少精細(xì)化管理的需求。
② “因地制宜”誤區(qū)。農(nóng)村污水處理過分強調(diào)并片面理解“因地制宜”，技術(shù)五花八門，導(dǎo)致、工程建設(shè)和運行管理均形不成規(guī)模效應(yīng)，不利于降低投資與運行。盡管目前農(nóng)村污水分散處理工藝、設(shè)備材料、運行管理等方面均不存在難以克服的技術(shù)難特點，但一些常見的成熟工藝技術(shù)仍難以發(fā)揮應(yīng)的效果，這與、施工及服務(wù)質(zhì)量控制不嚴(yán)相當(dāng)大的關(guān)系，從而大地挫傷了政府投資分散污水處理的積性，同時也制約了行業(yè)的健康發(fā)展。
8、農(nóng)村污水處理設(shè)施運行管理不完善
大中型城鎮(zhèn)污水處理的運行管理人員應(yīng)具備相應(yīng)的技能，且人員數(shù)量應(yīng)滿足污水處理的需要。但是，農(nóng)村生活污水處理設(shè)施運行管理主體較多，既鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府、鄉(xiāng)鎮(zhèn)或流域水務(wù)站，也村委會，權(quán)責(zé)不對等容易造成推諉扯皮、管理失效等現(xiàn)象。農(nóng)村生活污水處理設(shè)施的管理人員多以當(dāng)?shù)卮迕駷橹?，缺乏相關(guān)知識以及設(shè)備操作管理的相關(guān)技能，能負(fù)責(zé)設(shè)備的日常看護(hù)工作，難以勝任水平的系統(tǒng)維護(hù)，導(dǎo)致污水波動以及出水水質(zhì)不達(dá)等問題。