一、實驗原理
一種研究dna結(jié)合蛋白和其相關(guān)的dna結(jié)合序列相互作用的技術(shù)，可用于定性和定量分析。這一技術(shù)初用于研究dna結(jié)合蛋白，目前已用于研究rna結(jié)合蛋白和特定的rna序列的相互作用。
通常將純化的蛋白和細胞粗提液和32p同位素標記的dna或rna探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上，分離復(fù)合物和非結(jié)合的探針。dna-復(fù)合物或rna-復(fù)合物比非結(jié)合的探針移動得慢。同位素標記的探針依研究的結(jié)合蛋白的不同，可是雙鏈或者是單鏈。當(dāng)檢測 如轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子一類的dna結(jié)合蛋白，可用純化蛋白，部分純化蛋白，或核細胞抽提液。
在檢測rna結(jié)合蛋白時，依據(jù)目的rna結(jié)合蛋白的位置，可用純化或部分純化的蛋白，也可用核或胞質(zhì)細胞抽提液。競爭實驗中采用含蛋白結(jié)合序列的dna或rn片段和寡核苷酸片段（特異）， 和其它非相關(guān)的片段（非特異），來確定dna或rna結(jié)合蛋白的特異性。在競爭的特異和非特異片段的存在下，依據(jù)復(fù)合物的特點和強度來確定特異結(jié)合。
二、凝膠遷移或電泳遷移率實驗（emsa）可以：
1.研究dna結(jié)合蛋白和其相關(guān)的dna結(jié)合序列相互作用；
2.可用于dna定性和定量分析；
3.用于研究rna結(jié)合蛋白和特定的rna序列的相互作用。