透射熒光顯微鏡
光源：壓汞燈或鹵素?zé)簟?br>聚光鏡：使用暗場(chǎng)聚光鏡，使激發(fā)光和熒光分離出來。
物鏡：可用任何種類的物鏡。
標(biāo)本：因?yàn)槭峭干溆^察，薄的標(biāo)本比較適合。
點(diǎn)：①由于用了暗場(chǎng)聚光鏡，激發(fā)光不能進(jìn)入物鏡，因此容易形成暗的背景，得到良好的反差，且任何物鏡都可用于觀察。②用低倍物鏡時(shí)，比反射熒光顯微鏡更亮。
缺點(diǎn)：必須正確調(diào)整聚光鏡中心和度，否則不能獲得明亮的熒光像。由于暗視場(chǎng)聚光鏡焦距限制，不能使用厚的載玻片。視場(chǎng)照明區(qū)不能過大，否則容易使熒光標(biāo)本熒光色衰褪。厚的或不透明的標(biāo)本不適用。
反射熒光顯微鏡
光源：壓汞燈或鹵素?zé)簟?br>聚光鏡：因?yàn)槲镧R作為聚光鏡，所以不需要聚光鏡。
物鏡：所用物鏡必須能透過足夠的紫外光，而且本身不產(chǎn)生熒光，對(duì)數(shù)值孔徑?jīng)]有限制。
標(biāo)本：厚的標(biāo)本或不透明的標(biāo)本都能觀察。
點(diǎn)：①由于物鏡兼作聚光鏡，不需要很多調(diào)節(jié)。②采用柯拉照明法，可利用孔徑光闌和視場(chǎng)光闌的效果。③物鏡數(shù)值孔徑不受限制，在放大倍率時(shí)，也可以獲得分辨率的像。④厚的或不透明的標(biāo)本也能觀察，厚的蓋玻片也能使用。⑤其它觀察法也能與反射熒光結(jié)合使用，特別和相差法和透射微分干涉差法相結(jié)合。⑥可以避免不必要的熒光色衰褪現(xiàn)象。
缺點(diǎn)：在用地倍率物鏡時(shí)，像比較暗，因此必須用大數(shù)值孔徑的物鏡。濾光鏡系統(tǒng)必須有效地分離開激發(fā)光和熒光。
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