一旦建設工程被人民法院或建設行政主管部門認定為工程轉包，就必然會產生一系列糾紛的發(fā)生，那么掌握如何來處理這一系列糾紛就顯得尤為必要了。
1.工程轉包合同效力的認定及處理原則
《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規(guī)定，工程轉包人和被轉包人之間簽訂的建設工程施工合同無效，人民法院在認定施工合同無效時，可以同時依法收繳當事人已經取得的非法所得。
2.承包人與發(fā)包人之間糾紛的處理
承包人與發(fā)包人一旦簽訂了建設工程施工合同，承包人就應當按照合同約定全面履行合同義務。如果承包人非法轉包工程項目，從施工合同主體的相對性角度來看，承包人就構成對施工合同的實質性違約，發(fā)包人當然可以根據施工合同的約定追究承包人的違約責任并可以依法解除與承包人簽訂的施工合同。因承包人的非法轉包工程行為，造成工期延誤及出現(xiàn)工程質量問題的，發(fā)包人還可以向承包人提出賠償要求。
如果承包人是采取掛靠方式非法轉包工程的，出借資質的被掛靠施工企業(yè)與建設單位所簽訂的施工合同無效。掛靠人與被掛靠人對建設單位因此而造成的損失承擔連帶賠償責任。如果建設單位在知情的情況下，仍然與被掛靠的施工企業(yè)簽訂施工合同的，則建設單位對該轉包行為也有過錯，建設單位應當承擔相應的過錯責任。
當承包人非法轉包工程被依法認定為無效后，承包人與發(fā)包人之間就不可避免的會產生工程款就算糾紛。根據《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二條、第三條的相關規(guī)定，工程款如何結算取決于工程是否竣工驗收合格。建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人可以請求參照合同約定支付工程價款。建設工程施工合同無效，且建設工程經竣工驗收不合格的，按照以下情形分別處理：修復后的建設工程經竣工驗收合格，發(fā)包人請求承包人承擔修復費用的，應予支持;修復后的建設工程經竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支持。因建設工程不合格造成的損失，發(fā)包人有過錯的，也應承擔相應的民事責任。
3.工程轉包人與被轉包人之間糾紛的處理
轉包人與被轉包人之間簽訂的施工合同依法被認定為無效后，轉包人與被轉包人不可避免的會產生一定的經濟損失。對于經濟損失，應根據雙方當事人(即轉包人與被轉包人)的過錯程度和責任大小，確定他們應當承擔的賠償數(shù)額。因無效合同造成的損失范圍，一般包括誤工費、停工費、保管費、機械設施閑置費、租賃費、臨時設施建造費等直接與該工程有關而獨立發(fā)生的費用等。
4.工程轉包糾紛訴訟當事人的確定
一項工程被認定為工程轉包而產生一系列糾紛時，訴訟中如何確定各當事人的訴訟地位對于訴訟成敗尤為關鍵。如果分包人對工程轉包合同糾紛提起訴訟，應列轉包人和被轉包人作為共同被告;如果是轉包人與被轉包人之間的合同糾紛，則以轉包人和被轉包人為訴訟主體，建設單位列為第三人;如果是發(fā)生多次轉包的，則列直接產生糾紛的當事人為訴訟主體，將其他各方列為第三人。
如果承包人是采取掛靠方式非法轉包的，承包人與建設單位發(fā)生的糾紛起訴到法院的，一般應以掛靠施工單位和被掛靠施工單位作為共同訴訟人，起訴或應訴。如果施工單位掛靠其他建筑施工企業(yè)，并以被掛靠施工企業(yè)名義簽訂施工合同的，被掛靠建筑施工企業(yè)不愿起訴的，施工單位可作為原告起訴，不必將被掛靠建筑施工企業(yè)列為共同原告。