pcr反應五要素:參加pcr反應的物質(zhì)主要有五種即引物、酶、dntp、模板和mg2+。
1、引物量: 每條引物的濃度0.1~1umol或10~100pmol,以zui低引物量產(chǎn)生所需要的結(jié)果為好,引物濃度偏高會引起錯配和非特異性擴增,且可增加引物之間形成二聚體的機會。
2、酶及其濃度 目前有兩種taq dna聚合酶供應, 一種是從棲熱水生桿菌中提純的天然酶,另一種為大腸菌合成的基因工程酶。催化一典型的pcr反應約需酶量2.5u(指總反應體積為100ul時),濃度過高可引起非特異性擴增,濃度過低則合成產(chǎn)物量減少。
3、dntp的質(zhì)量與濃度 dntp的質(zhì)量與濃度和pcr擴增效率有密切關系,dntp粉呈顆粒狀,如保存不當易變性失去生物學活性。dntp溶液呈酸性,使用時應配成高濃度后,以1mnaoh或1mtris。hcl的緩沖液將其ph調(diào)節(jié)到7.0~7.5,小量分裝,-20℃冰凍保存。多次凍融會使dntp降解。在pcr反應中,dntp應為50~200umol/l,尤其是注意4種dntp的濃度要相等(等摩爾配制),如其中任何一種濃度不同于其它幾種時(偏高或偏低),就會引起錯配。濃度過低又會降低pcr產(chǎn)物的產(chǎn)量。dntp能與mg2+結(jié)合,使游離的mg2+濃度降低。
4、模板(靶基因)核酸 模板核酸的量與純化程度,是pcr成敗與否的關鍵環(huán)節(jié)之一,傳統(tǒng)的dna純化方法通常采用sds和蛋白酶k來消化處理標本。sds的主要功能是:溶解細胞膜上的脂類與蛋白質(zhì),因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜,并解離細胞中的核蛋白,sds還能與蛋白質(zhì)結(jié)合而沉淀;蛋白酶k能水解消化蛋白質(zhì),特別是與dna結(jié)合的組蛋白,再用有機溶劑酚與氯仿抽提掉蛋白質(zhì)和其它細胞組份,用乙醇或異丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作為模板用于pcr反應。一般臨床檢測標本,可采用快速簡便的方法溶解細胞,裂解病原體,消化除去染色體的蛋白質(zhì)使靶基因游離,直接用于pcr擴增。rna模板提取一般采用異硫氰酸胍或蛋白酶k法,要防止rnase降解rna。
5、mg2+濃度 mg2+對pcr擴增的特異性和產(chǎn)量有顯著的影響,在一般的pcr反應中,各種dntp濃度為200umol/l時,mg2+濃度為1.5~2.0mmol/l為宜。mg2+濃度過高,反應特異性降低,出現(xiàn)非特異擴增,濃度過低會降低taq dna聚合酶的活性,使反應產(chǎn)物減少。