1.花葉病。發(fā)病初期，莖、葉脈及嫩葉的支脈間出現(xiàn)水漬斑，隨后在嫩葉上出現(xiàn)黃綠相間或深綠與淺綠相間的花葉病癥狀，在感病果實表皮上也出現(xiàn)水漬狀圓斑。低溫期，病株葉片大部分脫落，幼葉出現(xiàn)畸形。溫暖干燥年份，發(fā)病嚴重。
防止方法：①選用耐病品種，加強栽培管理，增強植株抗病、耐病能力。②及時挖除病株，消滅病源。③消滅田間蚜蟲，控制病毒的傳播。
2.疫病。主要為害木瓜果實，先在果實蒂部發(fā)病。病部水漬狀，淡褐色。天氣潮濕時，果實很快腐爛，病部上面著生有稀疏的白色霉層。此病在適溫高濕的條件下發(fā)病較重。
防治方法：①一旦發(fā)現(xiàn)此病，可用如下藥劑進行防治：58%瑞毒霉錳鋅可濕性粉劑600倍液；64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液；72.2%普力克水劑400～600倍液；90%乙磷鋁可濕性粉劑500倍液：1%波爾多液。每隔10～15天噴1次，噴藥次數(shù)視病情及天氣而定。②注意清園，及時清除田間的病果及病苗。
3.炭疽病。是一種發(fā)生普遍、為害嚴重的病害。此病終年皆可發(fā)生，以秋季發(fā)病較嚴重。番木瓜炭疽病主要為害果實，其次為害葉片和葉柄。被害果的果面最先出現(xiàn)數(shù)個污黃白色或暗褐色的小斑點，呈水漬狀，病斑逐漸擴大，到直徑約5～6mm時，病斑下陷，斑面出現(xiàn)同心輪紋，輪紋上產(chǎn)生無數(shù)突起。葉片上，病斑多發(fā)生于葉尖及葉緣，病斑褐色，形狀不規(guī)則。病斑長出小黑點。在葉柄上，病斑多發(fā)生于將脫落或已脫落的葉柄上，病部沒有明顯界限，其上面出現(xiàn)一堆堆黑色小點，病部不下陷。
防治方法：①加強栽培管理，種植時要施足基肥，使植株生長健壯，減少病害發(fā)生。②注意清園，隨時摘除病果、病葉，收集病株殘體集中燒毀。③幼果期用0.5%波爾多液，40%滅病威懸浮劑500倍液，70%甲基托布津可濕性粉劑800～1000倍液，50%多菌靈可濕性粉劑或75%百菌清可濕性粉劑600～800倍液進行防治。