一、建設工程施工合同糾紛訴訟主體的確定
建設工程施工合同糾紛案件當事人比較復雜。在處理該類案件中，較為常見的有以下六種情況：
1、因轉(zhuǎn)包、違法分包合同發(fā)生糾紛，實際施工人只起訴承包人索要工程款的，應予準許，原則上不將發(fā)包人列為案件當事人。但承包人要求追加發(fā)包人為第三人并對其主張權利，而發(fā)包人對承包人又負有義務的，可以將發(fā)包人列為第三人；為了查明案件事實需要，法院也可以追加發(fā)包人為第三人；實際施工人直接以發(fā)包人為被告主張權利的，應予準許。
2、施工人掛靠其他建筑施工企業(yè)并以被掛靠單位名義簽訂建設工程施工合同，掛靠施工人或者被掛靠單位起訴發(fā)包人的，發(fā)包人可申請追加被掛靠單位或者掛靠施工人為第三人。發(fā)包人起訴掛靠施工人或者被掛靠單位的，可以追加被掛靠單位或掛靠施工人為共同被告。
3、轉(zhuǎn)包、分包(包括違法分包)工程因工程質(zhì)量引起的糾紛，如發(fā)包人只起訴承包人或者發(fā)包人只起訴實際施工人的，可依當事人的申請，將實際施工人或者承包人追加為共同被告。
4、承包人經(jīng)發(fā)包人同意將工程轉(zhuǎn)包的，屬于合同轉(zhuǎn)讓即合同權利義務的概括轉(zhuǎn)移。合同一經(jīng)轉(zhuǎn)讓(轉(zhuǎn)包)，承包人即退出承包合同關系，受讓人(實際施工人)取得原合同當事人的法律地位，其起訴索要工程款，應當直接起訴發(fā)包人；與此相對應，發(fā)包人因工程質(zhì)量問題應直接起訴實際施工人。
5、多個承包人聯(lián)合共同承包的，因其均為承包合同的一方當事人，發(fā)包人提起訴訟的，承包各方應作為共同被告。
6、工程項目經(jīng)理部不是適格的訴訟主體，應以設立該項目經(jīng)理部的法人為訴訟主體。
二、建設工程施工合同效力的認定
《合同法》第五十二條規(guī)定了合同無效的五種情形，該條第(五)項規(guī)定了違反法律法規(guī)強制性規(guī)定的合同無效。但并非所有的強制性規(guī)范都是認定合同效力的依據(jù)，只有違反了效力性強行性規(guī)范的合同，因內(nèi)容違反了社會公共利益和不特定第三人利益，才應認定為無效合同。過去我們一般是從條文使用的某個術語或者詞語進行判斷是管理性規(guī)范還是強行性規(guī)范，以此來認定合同的效力這是不準確的，實踐中應當注意。關于建設工程施工合同的效力主要審查以下幾類：
1、承包人未取得建筑施工企業(yè)資質(zhì)或者超越資質(zhì)等級承攬建設工程的合同無效。
2、沒有資質(zhì)得實際施工人使用有資質(zhì)的建筑施工企業(yè)名義承攬工程的合同無效 。在這里要特別注意區(qū)分掛靠關系與建筑企業(yè)的內(nèi)部承包關系。如兩者之間有產(chǎn)權聯(lián)系、有統(tǒng)一的財務管理、有嚴格而規(guī)范的人事任免和調(diào)動或聘用手續(xù)就可以認定為內(nèi)部承包關系，而不認定為掛靠關系。反之，則為掛靠關系。
3、非法轉(zhuǎn)包和違法分包的合同無效。
4、建設工程必須進行招標而未招標或者中標無效的合同無效。
5、無取得土地使用權證、無取得建筑工程規(guī)劃許可證、無辦理報建手續(xù)的“三無”工程的施工合同應確認無效，但在審理期間已補辦手續(xù)的，應確認合同有效。
6、承包人沒有承攬建設工程的資質(zhì)，但具有勞務分包資質(zhì)的，其與總承包人、分包人簽訂的勞務分包合同有效。
7、墊資施工合同不作無效認定。當事人對墊資及墊資利息有約定的，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支持，但其約定利息計算標準不得高于中國人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率。對墊資沒有約定而實際存在墊資事實的，按照工程欠款處理，對墊資利息沒有約定，承包人請求支付利息的，不予支持。
三、工程價款優(yōu)先受償權的保護
《合同法》第286條對工程價款優(yōu)先受償權作了原則規(guī)定，最高人民法院《關于建設工程價款優(yōu)先受償權的批復》對優(yōu)先受償權的效力、限制、范圍及期限作了較為具體的規(guī)定，為充分保護承包人的工程價款優(yōu)先受償權，還需要明確以下幾個問題：
第一，優(yōu)先受償權的行使范圍包括裝飾裝修工程，但不包括工程勘察和設計，但裝飾裝修工程的發(fā)包人不是該建筑物的所有人或者承包人與該建筑物的所有人之間沒有合同關系的除外。
第二，優(yōu)先受償權擔保的工程款范圍，如是已竣工工程，為竣工結算價，未竣工工程則為以施工預算價為基礎進行評估確定的工程價款，應當包括承包人的正常利潤和為承包工程進行施工的墊資款，但不包括違約造成的損失。
第三，行使優(yōu)先權的期限為六個月，此期限為除斥期間，優(yōu)先受償權的行使應以竣工之日或合同約定的竣工之日起算，而非竣工驗收合格之日。
第四，優(yōu)先受償權的行使，不以建設工程是否竣工為限。
第五，優(yōu)先受償權的行使不受合同效力的影響。建設工程施工合同無效，但工程質(zhì)量合格的，承包人可以依據(jù)《司法解釋》第2條的規(guī)定主張工程款，故其當然享有工程價款優(yōu)先受償權。
第六，分包人或?qū)嶋H施工人有條件地享有優(yōu)先受償權?！端痉ń忉尅返?6條第2款規(guī)定了分包人和實際施工人可以在發(fā)包人欠付工程款范圍內(nèi)向發(fā)包人請求支付工程款。由此可以推斷出，只要分包人和實際施工人完成了其與總包人或轉(zhuǎn)包人之間合同約定的施工義務且工程質(zhì)量合格的，在總包人或轉(zhuǎn)包人不主張或怠于主張工程價款優(yōu)先受償權的情況下，應允許分包人或?qū)嶋H施工人就其承建的工程部分在發(fā)包人欠付的工程款范圍內(nèi)向發(fā)包人主張工程價款優(yōu)先受償權。
第七，工程款債權轉(zhuǎn)讓后，受讓人也應享有優(yōu)先受償權。
第八，不應作為工程價款優(yōu)先受償權標的的建設工程包括：消費者已交付全部或大部分購房款的商品房；被作為執(zhí)行標的物并已執(zhí)行完畢的建設工程；《合同法》頒布實施前，已辦理抵押登記或已出售、預售的建設工程；學校、醫(yī)院等公益性建設工程；黨委、政府等機關單位的辦公樓，道路、橋梁等公共設施；所有權已被法院生效法律文書確定轉(zhuǎn)移的建設工程。