電子招投標(biāo)作為一種全新的業(yè)務(wù)形態(tài)，實(shí)踐中也存在一些問(wèn)題。
一是法規(guī)滯后，標(biāo)準(zhǔn)不一?，F(xiàn)有電子招投標(biāo)法規(guī)及規(guī)范性文件雖然確立了電子招投標(biāo)的法律地位，也對(duì)其操作進(jìn)行了技術(shù)規(guī)范，但是，仍然缺乏統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，不同地域、不同行業(yè)電子招投標(biāo)水平參差不齊，配套監(jiān)管體系不太健全，難以對(duì)電子招投標(biāo)實(shí)施有效監(jiān)督。
二是平臺(tái)眾多，互不兼容。據(jù)統(tǒng)計(jì)，我國(guó)現(xiàn)有電子招投標(biāo)平臺(tái)不同地域、不同行業(yè)之間缺乏統(tǒng)一的建設(shè)和認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)，（如：各平臺(tái)數(shù)字證書（ca）認(rèn)證機(jī)構(gòu)各不相同，投標(biāo)人需要辦理多個(gè)ca證書才能滿足投標(biāo)需要等），此外，電子招投標(biāo)文件制作工具、電子文件格式也缺乏統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，各平臺(tái)制定獨(dú)具特色的規(guī)則，投標(biāo)人每參加一個(gè)新平臺(tái)的招標(biāo)項(xiàng)目，都需要花費(fèi)一定的時(shí)間來(lái)熟悉其操作流程，即便文件有模板，也是固定格式，根本不允許作出相應(yīng)修改，這種“呆板”操作，不僅不能滿足具體項(xiàng)目的特殊需要，而且互不兼融模式使其優(yōu)越性大打拆扣。
三是安全性差，存在風(fēng)險(xiǎn)。目前，市場(chǎng)上可以支持電子化招投標(biāo)的交易平臺(tái)經(jīng)過(guò)國(guó)家專業(yè)機(jī)構(gòu)安全認(rèn)證的不是很多。此外，各地公共資源交易平臺(tái)并非統(tǒng)一協(xié)調(diào)組建，彼此獨(dú)立，互不兼容，缺乏統(tǒng)一的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，數(shù)據(jù)的安全性和保密性得不到有效保障，存在著商業(yè)機(jī)密外泄、數(shù)據(jù)信息被不法分子惡意篡改等風(fēng)險(xiǎn)。
四是人才短缺，業(yè)務(wù)不精。交易平臺(tái)和監(jiān)督平臺(tái)的操作人員、代理機(jī)構(gòu)、評(píng)標(biāo)專家、監(jiān)督人員的專業(yè)素質(zhì)都需要大幅度提升，特別是在“鍵對(duì)鍵”操作的前提下，招投標(biāo)關(guān)鍵環(huán)節(jié)責(zé)任人的技術(shù)水平和職業(yè)道修養(yǎng)都必須能夠勝任電子化招投標(biāo)的需要。但是，交易平臺(tái)和代理機(jī)構(gòu)都缺乏此類專業(yè)人才（兼職居多），遇到問(wèn)題首先求助的是軟件開(kāi)發(fā)公司的駐場(chǎng)人員，即便是此類人員其專業(yè)技術(shù)水平也十分有限，只能處理一些簡(jiǎn)單的故障，涉及技術(shù)安全及復(fù)雜一些的問(wèn)題往往也是一籌莫展，這些人員尚且如此，更別說(shuō)專家評(píng)委（尤其是年長(zhǎng)者）和監(jiān)督人員，全面提升各類人員的業(yè)務(wù)素質(zhì)迫在眉睫。