對彩色馬蹄蓮塊莖收獲時間的選擇也是非常重要的。老的塊莖需完全被白色的新塊莖替代。如果將塊莖收獲的太早，它們容易變硬而石化。在收獲過程中操作應十分小心。收獲后，將葉片切除，在塊莖上留3厘米。其他的信息見前面的概述。
細菌病害
歐氏菌：歐氏菌病害也稱軟腐病，是由胡蘿卜軟腐歐文氏菌胡蘿卜軟腐致病變種引起的。被感染的葉片和莖變?yōu)樯罹G色，有壞死斑和腐斑，并分泌粘液，最終植株倒掉。塊莖同時也開始腐爛，并有惡臭。當植株生長不良時，可通過一些小的傷口造成感染。這些細菌也可分泌一些酶來溶解細胞壁而穿透植株。如果植株干燥，被感染的植株和其生長的土壤應小心地移掉。應注意在種植前需將那些被感染的塊莖盡早挑出來，并進行消毒預防。對歐氏菌感染的敏感程度也因品種的差異有所不同。一般來說，黃色和橙色的品種比白色和奶油色的品種容易感染。最好的控制方法是在栽培時，自始至終為植株提供一個最佳的生長環(huán)境，使其能夠保證不受干擾地進行發(fā)育。正如前面所提到的，應達到以下的要求：
-提供足夠的水分；
-土壤的排水性能要好，以防止過濕情況的發(fā)生；
-避免溫室中的溫度過高，特別是相對濕度大時；
-防止植株和塊莖受損傷；
-防止其他真菌病害和蟲害造成的損傷。；
-不要過多的使用氮肥，因為每公頃超過150公斤的氮肥用量很容易引起歐氏菌的感染。
-塊莖收獲后應盡快干燥：收獲后在頭一周內有時間延誤的話，會造成以后大量的損失。
真菌病害
腐霉菌：該真菌會引起根部的腐爛，導致植株對水分的吸收受到限制。進行輪作和精確的灌溉是預防感染的重要因素。在種植前對土壤進行蒸汽消毒并用殺菌劑處理。
絲核菌：該真菌在近地面處對植株的芽造成損傷。可使用甲基立枯磷和氟酰胺來處理土壤對該菌進行控制。
青霉菌：該菌在塊莖儲藏時可造成感染，造成塊莖在儲藏時和儲藏后的損壞，特別是當塊莖受過機械損傷、儲藏室相對濕度過高或微環(huán)境中空氣流動不足時容易發(fā)生。提供足夠的空氣流動可防止該病菌的發(fā)生。還可使用殺菌劑對塊莖進行消毒，如克菌丹。
灰霉菌：可在花和葉片上發(fā)生。在露天栽培時每隔10天進行殺菌劑和殺蟲劑結合的預防是有必要的。灰霉菌的感染在葉片上幾乎都表現(xiàn)為形成小的斑點。在8月低或9月初只打一次要進行預防就已經(jīng)足夠了。
蟲害
薊馬和蚜蟲在植株的整個生長過程中都會造成傷害。在采花前用對硫磷噴灑兩次，在栽培過程中，每隔7-10天可使用乙酰甲胺磷或溴氰菊酯進行預防。