對(duì)種子有腐蝕作用的肥料碳酸氫銨、氨水等，具有揮發(fā)性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過(guò)磷酸鈣含有游離態(tài)的硫酸和磷酸，對(duì)種子發(fā)芽和幼苗生長(zhǎng)會(huì)造成傷害，一般不宜做種肥。這類(lèi)肥料要在翻耕時(shí)施入，或施在播種溝下層，不與種子直接接觸，或與土雜肥混合施用。
對(duì)種子有毒害作用的肥料尿素在生產(chǎn)造粒過(guò)程中，溫度過(guò)高就會(huì)產(chǎn)生少量縮二脲，縮二脲的含量若超過(guò)2%，對(duì)種子和幼苗就會(huì)產(chǎn)生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質(zhì)分子中，使蛋白質(zhì)變性，對(duì)種子發(fā)芽和幼根產(chǎn)生毒害。如果確實(shí)需要將尿素當(dāng)做種肥施用，必須在足墑的條件下，且應(yīng)與種子隔離，嚴(yán)格控制在每畝不超過(guò)5公斤，與細(xì)土混勻，撒在種子下面2～3厘米。
含有害離子的肥料氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會(huì)產(chǎn)生水溶性氯化物，對(duì)種子發(fā)芽和幼苗生長(zhǎng)不利，甚至燒種燒苗;硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，對(duì)種子發(fā)芽有毒害作用。
強(qiáng)堿性的肥料強(qiáng)堿性肥料有窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等。窯灰鉀肥含鈣較多，吸水性強(qiáng)，吸水后放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。須作種肥時(shí)，必須與高于10倍的有機(jī)肥料充分混合，施入播種溝(穴)下層，勿與種子直接接觸，并注意播種后及時(shí)覆土，以防危害。
未腐熟的人畜糞未經(jīng)腐熟的生糞作種肥，因肥料在發(fā)酵過(guò)程中會(huì)釋放大量熱能，不僅極易造成燒根，而且釋放氨氣還會(huì)灼傷幼苗。人畜糞等農(nóng)家肥，要經(jīng)過(guò)堆漚高溫發(fā)酵，充分腐熟后方可用作種肥。