殺菌鍋設備最主要的殺菌方式有兩種，其分別為熱水循環(huán)殺菌以及蒸汽式殺菌。這兩種殺菌方式能夠有效的對產品進行殺菌。
熱水循環(huán)式殺菌是通過對殺菌鍋中注入熱水，并使其能夠達到殺菌的溫度以及熱水可以在設備內部進行循環(huán)流動，然后再根據不同的產品使用不同的殺菌時間的殺菌方式。其更加的適合對食品進行殺菌操作。
蒸汽式殺菌則是指通過對殺菌鍋設備內填充高溫蒸汽來進行殺菌操作，但這種殺菌方式會因為空氣所擁有的導熱性不良從而會使得殺菌鍋設備內部溫度不均勻，造成產品殺菌不良的現(xiàn)象。
殺菌鍋使用熱水循環(huán)殺菌操作比較適合對一些累積的較為密集的食品進行殺菌。其通過將設備內部的水加熱至能夠進行殺菌的溫度來進行殺菌，擁有較快的加熱速度，從而提高食品質量。
殺菌鍋內的熱水會在兩分鐘左右就進行一次循環(huán)，從而能夠使得設備內部各點上的溫度變化的相對均勻，不易會產生死角。而且殺菌鍋的鍋門采用的是充氣式硅橡膠密封圈，使得其能夠擁有較為穩(wěn)定的密封性能，而且還擁有較長的使用壽命，不發(fā)生突發(fā)狀況時一般能夠使用三年后進行更換。
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