由于各種微生物的生活環(huán)境和對不同營養(yǎng)物質(zhì)的利用能力不同，它們的營養(yǎng)需要和代謝方式也不盡相同。根據(jù)微生物所要求的碳源不同（無機碳化合物或有機碳合化物），可以將它們分為自養(yǎng)微生物和異養(yǎng)微生物兩大類。自養(yǎng)微生物以co2為*的碳源，能夠在*無機的環(huán)境中生長。而異養(yǎng)微生物的生長則*少需要有一種有機物存在，它們不能以co2作為*的碳源。
根據(jù)微生物所利用的能源的不同，又可將微生物分為兩種能量代謝類型，一種是吸收光能來維持其生命活動的，稱為光能微生物，另一類是利用吸收的營養(yǎng)物質(zhì)降解產(chǎn)生化學能，稱為化能微生物。將以上兩種分類方法結(jié)合起來，我們可以把微生物的營養(yǎng)類型歸納為光能自養(yǎng)型、化能自養(yǎng)型、光能異養(yǎng)型和化能異養(yǎng)型四種類型。
一、光能自養(yǎng)型微生物
這類微生物利用光作為生長所需要的能源，以co2作為碳源。光能自養(yǎng)微生物都含有光合色素，能夠進行光合作用。但是必須注意，光合**的光合作用與高等綠色植物的光合作用有所區(qū)別。在高等綠色植物的光合作用中，水是同化co2時的還原劑，同時釋放出氧。而在光合**中，則是以h2s、na2s2o3等無機化合物作為供氫體來還原co2，從而合成細胞有機物的。例如綠硫**以h2s為供氧體，它們的光合作用可以概括為：
二、化能自養(yǎng)型微生物
這類微生物的能源來自無機物氧化所產(chǎn)生的化學能。碳源是co2或碳酸鹽。常貝的化能自養(yǎng)微生物有硫化**、硝化**、氫**、鐵**、一氧化碳**和甲烷氧化**等。它們分別以硫、還原態(tài)硫化物、氨，亞硝酸、氫、二價鐵、一氧化碳和甲烷作為能源。
硝化**在自然界的氮素循環(huán)中起著重要作用，它們使自然界中的氨轉(zhuǎn)化為亞硝酸、硝酸，提高了土壤的肥力。
硫化**可用來處理礦石，漫出一些金屬礦物。這樣的處理方法被叫做濕法冶金。在農(nóng)業(yè)上，硫化**則被用來改造堿性土壤。
化能自養(yǎng)微生物一般須消耗atp，促使電子沿電子傳遞鏈逆向傳遞，以取得固定co2時所必需的nadh十h+。因此這類菌的生長較為緩慢。
三、光能異養(yǎng)型微生物
這類微生物利用光作為能源。不能在*無機化合物的壞境中生長，須利用有機化合物作為供氫體來還原co2，合成細胞有機物質(zhì)。例如，紅螺**利用異丙醇作為供氫體，進行光合作用，并積累丙酮酸。
四、化能異養(yǎng)型微生物
這類微生物所需要的能源來自有機物氧化所產(chǎn)生的化學能，它們只能利用有機化合物。如；淀粉、糖類、纖維素、有機酸等。因此有機碳化物對這類微生物來說既是碳源也是能源。它們的氮素營養(yǎng)可以是有機物，如蛋白質(zhì)，也可以是無機物，如***等。化能異養(yǎng)微生物又可分為腐生的和寄生的兩類。前者是利用無生命的有機物，而后者則是寄生在活的有機體內(nèi)，從寄主體內(nèi)獲得營養(yǎng)物質(zhì)，在腐生和寄生之間存在著不同程度的既可腐生又可寄生的中間類型，稱為兼性腐生或兼性寄生。
化能異養(yǎng)微生物的種類和數(shù)量很多，包括絕大多數(shù)**，放線菌和幾乎全部**；因此，它們與人類的關(guān)系也異常密切，對它們的研究和應用也*多。
以上四大營養(yǎng)類型的劃分在自然界中并不是優(yōu)良的，存在著許多過渡類型，因此，在實踐中要**分析。