pcr反應的特異性決定因素為：
①引物與模板dna特異正確的結合；
②堿基配對原則；
③taq dna聚合酶合成反應的忠實性；
④靶基因的特異性與保守性。
1、其中引物與模板的正確結合是關鍵。引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的。聚合酶合成反應的忠實性及taq dna聚合酶耐高溫性，使反應中模板與引物的結合(復性)可以在較高的溫度下進行，結合的特異性大大增加，被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū)，其特異性程度就更高。
2、 靈敏度高
pcr產物的生成量是以指數方式增加的，能將皮克(pg=10-12g)量級的起始待測模板擴增到微克(ug=10-6g)水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞；在病毒的檢測中，pcr的靈敏度可達3個rfu(空斑形成單位)；在細菌學中zui小檢出率為3個細菌。
3、 簡便、快速
pcr反應用耐高溫的taq dna聚合酶，一次性地將反應液加好后，即在dna擴增液和水浴鍋上進行變性-退火-延伸反應，一般在2～4 小時完成擴增反應。擴增產物一般用電泳分析，不一定要用同位素，無放射性污染、易推廣。
4、 對標本的純度要求低
不需要分離病毒或細菌及培養(yǎng)細胞，dna 粗制品及總rna均可作為擴增模板?？芍苯佑门R床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發(fā)、細胞、活pcr技術概論。