普洱茶在后期發(fā)酵很復(fù)雜，由于普洱茶中的蛋白質(zhì)含量少，使得有害菌很難生存。后來也從另外一位專門從事微生物研究的學(xué)者得知在酸性環(huán)境下，有害菌很難生存，大多數(shù)是有益菌，普洱茶發(fā)酵呈弱酸性，因此大多數(shù)為有益菌。另外還有一種說法是，茶葉中的多酚類物質(zhì)會(huì)抑制有害菌的生長(zhǎng)。
在普洱茶的品質(zhì)形成過程中，除了濕熱反應(yīng)、氧化反應(yīng)外，微生物參與的發(fā)酵對(duì)品質(zhì)形成十分重要，在現(xiàn)有的研究中，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的主要微生物有以下幾種：
1、黑曲霉
黑曲霉是一種低等真核生物，作為世界公認(rèn)的安全可食用性，在工業(yè)生產(chǎn)和學(xué)術(shù)研討中占有重要的地位。作為參與普洱茶品質(zhì)形成的重要菌種，研究其生命周期極其代謝產(chǎn)物變化有著重要意義。
在普洱茶大生產(chǎn)發(fā)酵渥堆過程中，黑曲霉數(shù)量始終處于優(yōu)勢(shì)地位，黑曲霉數(shù)量始終處于優(yōu)勢(shì)地位，黑曲霉可以生產(chǎn)胞內(nèi)、胞外兩類霉，有20種左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纖維素酶和果膠酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白質(zhì)、天然纖維、果膠和非可溶性化合物等有機(jī)物。水解產(chǎn)物大多為單糖、氨基酸、水化果膠和可溶性碳水化合物，使茶葉內(nèi)含有效成分易于滲出、擴(kuò)散，為增強(qiáng)茶湯的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品質(zhì)特色奠定了堅(jiān)實(shí)的物質(zhì)基礎(chǔ)。所以說，在普洱茶發(fā)酵過程中黑曲霉代謝產(chǎn)生的有機(jī)酸和酶對(duì)普洱茶品質(zhì)的形成有著重要的作用。并且在普洱茶渥堆過程中黑曲霉始終是以優(yōu)勢(shì)菌群作用于普洱茶。
2、青霉屬
在普洱茶渥堆過程中青霉產(chǎn)生多種酶類及有機(jī)酸，同時(shí)，產(chǎn)黃青霉代謝產(chǎn)生的青霉素對(duì)雜菌、腐敗菌可能有良好的消除和抑制生長(zhǎng)作用。因此，我們認(rèn)為產(chǎn)黃青霉對(duì)普洱茶醇和品質(zhì)的形成有輔助作用。
3、根霉菌
根霉菌的淀粉酶活力較高，能產(chǎn)生有機(jī)酸，還產(chǎn)生芳香的酯類物質(zhì)，但由于分泌果膠酶能力強(qiáng)，普洱茶在渥堆中茶葉軟化也與該霉滋生有關(guān)。在渥堆中的每個(gè)階段，控制好適當(dāng)?shù)臏囟群蜐穸?，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品質(zhì)的形成。
4、灰綠曲霉
該菌種會(huì)使食品腐爛變質(zhì)。生產(chǎn)中應(yīng)盡量避免菌群的滋生。經(jīng)試驗(yàn)可知，在大生產(chǎn)中出現(xiàn)得較多，而模擬、滅菌渥堆試驗(yàn)加工的普洱茶中出現(xiàn)的很少，后期消失。因此，控制堆溫、改善制茶環(huán)境衛(wèi)生有利于純正普洱茶品質(zhì)的形成。酵母屬與普洱茶酵母屬是普洱茶品質(zhì)形成的重要菌種。
5、酵母菌
在普洱茶渥堆中，由于濕熱作用為酵母菌的代謝活動(dòng)創(chuàng)造了良好的環(huán)境，增強(qiáng)了酶的活性，同時(shí)也給茶葉的化學(xué)成分變化提供了熱源。加之霉菌能利用各種多糖作為碳源進(jìn)行糖代謝，并產(chǎn)生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營(yíng)養(yǎng)后迅速繁殖。當(dāng)提供有利于酵母菌滋生的環(huán)境，使其迅速繁殖，加工中茶葉的品質(zhì)表現(xiàn)為香甜、醇滑的特點(diǎn)?？梢?，普洱茶甘甜、醇厚品質(zhì)特點(diǎn)的形成直接與酵母菌消長(zhǎng)相關(guān)。也就是說，普洱茶所表現(xiàn)出的陳香、醇、甘、滑等品質(zhì)特點(diǎn)與發(fā)酵過程中的優(yōu)勢(shì)菌種是分不開的。
酵母菌在普洱茶品質(zhì)形成過程中起著重要的作用。如果在普洱茶渥堆過程中數(shù)量控制得當(dāng)，可以增加普洱茶的有效營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)以及對(duì)人體有保健作用的物質(zhì)，賦予普洱茶區(qū)別于其他茶類的有獨(dú)特療效的品質(zhì)特點(diǎn)，而且有利于形成普洱茶甜、醇、香等品質(zhì)風(fēng)格。但是，如果控制不當(dāng)，則會(huì)形成辣、刺、叮、麻、掛、鎖、酸等不利的物質(zhì)，影響和降低普洱茶的品質(zhì)。所以，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質(zhì)特點(diǎn)與酵母在普洱茶渥堆中的作用有密切的關(guān)系。
6、細(xì)菌
細(xì)菌與普洱茶在普洱茶渥堆過程中，細(xì)菌數(shù)目極少，沒有發(fā)現(xiàn)致病細(xì)菌，這是各種微生物之間拮抗作用的結(jié)果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制細(xì)菌的生長(zhǎng)。同時(shí)，國(guó)內(nèi)外研究表明，茶葉中的茶多酚也能抑制對(duì)人或動(dòng)物有致病性的細(xì)菌的生長(zhǎng)繁殖。
在普洱茶渥堆過程中，除上述幾種微生物外，還有少量和極少量未檢出的微生物。結(jié)合普洱茶渥堆過程中主要微生物的消長(zhǎng)變化與品質(zhì)關(guān)系的研究結(jié)果可知：普洱茶制作過程中微生物的菌種變化是極其復(fù)雜的。從不同處理比較分析可知，黑曲霉始終處于優(yōu)勢(shì)地位，酵母菌的總數(shù)居次，細(xì)菌數(shù)目極少，沒有發(fā)現(xiàn)有致病細(xì)菌。在普洱茶渥堆過程中，這些微生物都對(duì)普洱茶的品質(zhì)形成產(chǎn)生作用。