有毒害作用的肥料有毒害作用的肥料（如尿素）常生成少量的縮二脲，其含量若超過2%，對(duì)苗木種子和幼苗就會(huì)產(chǎn)生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質(zhì)分子中，會(huì)使蛋白質(zhì)變性，毒害苗木種子和幼根。
含有害離子的肥料含有害離子的肥料（如氯化鉀）施入土壤后會(huì)產(chǎn)生水溶性氯化物，對(duì)苗木種子發(fā)芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對(duì)苗木種子發(fā)芽也有很強(qiáng)的毒害作用。
未充分腐熟的農(nóng)家肥未充分腐熟的廄肥、人糞尿水等，施后在發(fā)酵過程中不僅會(huì)釋放大量熱能燒壞種芽和根系，且能釋放氨氣灼傷幼苗。因此各種農(nóng)家有機(jī)肥必須經(jīng)過堆漚高溫發(fā)酵、充分腐熟后才能做種肥。
有腐蝕作用的肥料有腐蝕作用的肥料如碳酸氫銨等具有揮發(fā)性和腐蝕性，易熏傷苗木種子和幼苗，不宜在苗木上施用，尤其忌做種肥。